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包括减少检查时间，更少的成像伪影，更高的体素分辨率，更广泛的可用性，更少的操作员依赖性和更低的成本。然而，MR结肠成像相对于CT结肠成像的主要优点是缺乏电离辐射，这是筛查CT结肠成像的潜在限制。
虽然研究表明筛查CT结肠成像的好处超过了辐射风险，但完全避免放射可能是最佳选择，因为有效剂量会随着反复检查而累积。如果患者意识到放射风险并且在MR结肠成像和CT结肠成像之间做出选择，他们可以选择前一种方法。最近对34个国际机构的调查结果进行了回顾，结果显示，CT结肠检查的平均剂量为5.7 mSv。相比之下，由自然辐射引起的背景剂量约为每年3毫希。对于50岁的人（结直肠筛查开始的年龄），俯卧位CT结肠成像中与辐射暴露相关的估计绝对终身癌症风险约为0.14％，而对于70-的人来说，约为一半。一岁的人。该估计基于以7至13mSv的剂量进行的CT结肠检查，管电流为65mAs，120kVp，10mm准直，以及1.35的间距。
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